です。

直訳すると　「操り人形の名人」

一体、どういう意味なんでしょう？

これは、かなり意味深な表現なのです！

なるほど、操り人形の名人ですから、糸の使い方が上手いわけです。表面には自然な動きに見えるけれど、実は名人がうまく操作して、自然に見せていた、ということなのでしょう。

He is a puppet master after all.

(結局のところ、彼が黒幕だった。)